Marguerite Sablonnière est conservatrice en chef à la Réserve des livres rares de la Bibliothèque nationale de France, où elle est responsable du pôle Collections anciennes. Elle a auparavant dirigé le service des Collections imprimées du département de la Musique et a été responsable du dépôt légal des partitions imprimées (jusqu'en 2015).
Archiviste-paléographe, elle a soutenu en 1996 sa thèse « Le Conservatoire de musique de Paris pendant l'entre-deux-guerres » puis son mémoire de l’ENSSIB « Inventaire et mise en valeur du fonds des archives de la bibliothèque du Conservatoire de Paris ». Elle est entrée au département Droit, économie, politique de la Bibliothèque nationale de France en 1999 puis au département de la Musique en 2001.
Ses travaux portent sur l’histoire des collections musicales et sur l’histoire du Conservatoire de Paris. Elle a participé au programme de recherche de l'IReMus sur l'Histoire des collections musicales de la Bibliothèque nationale de France.
Elle a été vice-présidente du groupe des Archives et centres de documentation musicaux (2006-2008) de l’Association internationale des Bibliothèques musicales puis présidente de ce même groupe (2009-2011).